Paso 1. Registro del usuario como investigador
La persona individual o jurídica debe obtener su número de registro de investigador ante el CONAP. El registro puede tramitarse previamente.

Paso 2. Preparación de la solicitud
El solicitante completa el formulario de licencia correspondiente para investigadores nacionales o extranjeros y prepara el protocolo de investigación con fines comerciales. El protocolo debe incluir la propuesta de distribución de beneficios, el uso comercial previsto, la factibilidad económica y la información sobre conocimientos tradicionales asociados, cuando corresponda.

Paso 3. Presentación del expediente
La solicitud y sus documentos de respaldo se presentan mediante el Portal Electrónico del CONAP o ante la Ventanilla Única de la Sede Central o de cualquier Dirección Regional.

Paso 4. Verificación inicial
El CONAP verifica el cumplimiento de los requisitos, asigna un número de expediente y emite la resolución de trámite correspondiente. Cuando el expediente cumple los requisitos, debe ser trasladado a la dependencia competente en un plazo no mayor de tres días hábiles.

Paso 5. Evaluación técnica y jurídica
La Dirección de Valoración y Conservación de la Diversidad Biológica y la Unidad de Asuntos Jurídicos analizan la solicitud. Cuando corresponda, participa también la unidad competente en materia de Pueblos Indígenas y comunidades locales. Podrán solicitarse opiniones a otras dependencias del CONAP o a centros especializados.

Paso 6. Determinación de la ruta para el CIP y las CMA
El CONAP emite una opinión conjunta que define, caso por caso, la ruta y las directrices para obtener el Consentimiento Informado Previo y negociar las Condiciones Mutuamente Acordadas. Estas directrices son notificadas al solicitante.

Paso 7. Identificación y participación de los proveedores
Participan en el proceso las personas, comunidades, pueblos indígenas, administradores de áreas, responsables de colecciones científicas, proveedores de recursos genéticos o titulares de conocimientos tradicionales que resulten pertinentes.

Paso 8. Obtención del Consentimiento Informado Previo
El solicitante dirige una solicitud escrita y comprensible a los proveedores. Debe facilitar información suficiente sobre los objetivos, recursos y cantidades requeridas, conocimientos tradicionales involucrados, métodos, cronograma, destino del material, utilización prevista, distribución de beneficios, posibles cambios de utilización y transferencia a terceros. Cuando intervengan Pueblos Indígenas o comunidades locales, el proceso debe respetar sus formas propias de organización, toma de decisiones, idiomas y plazos. El consentimiento otorgado se documenta de la manera determinada por los proveedores, por ejemplo, mediante acta de asamblea comunitaria o acta notarial.

Paso 9. Negociación de las Condiciones Mutuamente Acordadas
El usuario y los proveedores negocian las condiciones de acceso, utilización y distribución justa y equitativa de beneficios. Las CMA pueden formalizarse mediante un contrato, utilizando como referencia el contrato modelo contenido en el Anexo 9 del Normativo.

Paso 10. Presentación de los verificadores
El solicitante presenta al CONAP copias legalizadas de los documentos que acreditan el CIP y las CMA.

Paso 11. Autorización definitiva
Una vez determinada la viabilidad técnica y jurídica y cumplidos los requisitos, el CONAP emite la resolución y la licencia de investigación correspondiente. 

Paso 12. Permisos complementarios, cuando correspondan
Si el proyecto implica colecta, transporte o exportación de especímenes, muestras, partes o derivados, deben tramitarse las licencias, guías o permisos complementarios aplicables antes de realizar esas actividades.